Удаление заданной строки в файле.
Пример.
<?php
$row_number = 0; //указываем номер строки которую удаляем
$file = file("myfile.txt"); // Считываем весь файл в массив
//записываем нужную строку в файл для лога
file_put_contents("removed.txt", $file[$row_number], FILE_APPEND);
echo "$file[$row_number]";
//удаляем записаную строчку из массива
unset($file[$row_number]);
//записываем остаток массива обратно в файл
file_put_contents("myfile.txt", implode("", $file));
?>